Mitropolit crnogorsko-primorski Joanikije uskoro bi mogao da se nađe pod “istragom” komisije Srpske pravoslavne crkve (SPC), koja bi, prema zvaničnom obrazloženju, trebalo da analizira način funkcionisanja Mitropolije i utvrdi da li postoje administrativno-finansijski propusti. Međutim, prema saznanjima portala Nova.rs, stvarni razlog zbog kojeg se mitropolit nalazi pod lupom jeste njegovo javno neslaganje sa politikom zvaničnog Beograda, ali i odbijanje da povuče potpis sa pisma podrške koje je zajedno sa još petoricom episkopa uputio studentima i građanima koji su protestovali u Srbiji.